學術快報 | 美學者分享新冠肺炎病毒分子動力學模擬數(shù)據(jù)，希望加快藥物研發(fā)
圖片來自美國cdc
撰文 | 黃宇翔
責編 | 陳曉雪
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近日，D. E. Shaw Research的計算化學家們在線共享了關于COVID-19病毒蛋白的分子動力學模擬數(shù)據(jù)，希望能助力整個科學團體增進對病毒侵染分子機制更深刻的理解，并加快靶向藥物的篩選速度。[1]
D. E. Shaw Research的科學家們借助Anton 2超級計算機，對COVID-19病毒處于無配體結合、激活狀態(tài)的主要蛋白酶（ main protease）實現(xiàn)了幀數(shù)1納秒、時長100微秒的分子動力學模擬。此前日本理化學研究所的科學家在3月17日通過MDGRAPE-4A超級計算機對該蛋白在小分子抑制劑結合構象下進行了時長為10微秒的分子動力學模擬。[1-2]
此外，D. E. Shaw Research還公布了10微秒的COVID-19病毒表面S蛋白（spike protein）在關閉和部分激活兩種構象， COVID-19部分結構域與宿主細胞受體ACE2復合物的模擬數(shù)據(jù)，以及ACE2 和小分子抑制劑的模擬數(shù)據(jù)。
“D.E. Shawn Research等的蛋白質計算模擬數(shù)據(jù)，為理解病毒的感染機制、揭示病毒的弱點，并設計靶向藥物提供了重要的信息。 同時也凸顯了科學無國界，全球科學家群策群力為盡快研發(fā)新冠病毒的特效藥的科學之戰(zhàn)?！北本┐髮W定量生物學中心的魏平研究員對《知識分子》說。
除了D. E. Shaw Research之外，加州大學圣地亞哥分校Rommie Amaro教授等團隊目前也投身于將分子動態(tài)模擬應用在理解病毒蛋白外殼結構與功能上。[3] D. E. Shaw Research的科學團隊將持續(xù)更新網(wǎng)站上的模擬數(shù)據(jù)。
參考文獻
[1] D. E. Shaw Research, "Molecular Dynamics Simulations Related to SARS-CoV-2," D. E. Shaw Research Technical Data, 2020. http://www.deshawresearch.com/resources_sarscov2.html
[2] KOMATSU, Teruhisa S.; KOYAMA, Yohei M.; OKIMOTO, Noriaki; MORIMOTO, Gentaro; OHNO, Yousuke; TAIJI, Makoto (2020), “COVID-19 related trajectory data of 10 microseconds all atom molecular dynamics simulation of SARS-CoV-2 dimeric main protease”, Mendeley Data, v1
[3] https://amarolab.ucsd.edu/Welcome.html
https://www.drugtargetreview.com/news/58226/covid-19-viral-envelope-simulation-under-development/
https://ucsdnews.ucsd.edu/feature/coronavirus-massive-simulations-completed-on-supercomputer?utm_source=This+Week+Subscriber+List&utm_campaign=c2382a82da-THIS_WEEK_2020_03_26&utm_medium=email&utm_term=0_db568fca07-c2382a82da-92150133
